Per la sua mole di documenti e per continuità storica, il fondo di maggior pregio conservato è quello del Comune di Savona, testimonianza della vita cittadina dal medioevo alla prima metà del Novecento. Tra i documenti medievali spiccano: le pergamene del Diplomatico, la più antica delle quali data all’anno 1062; i Registri della Catena; gli Statuti del Comune e delle arti. Nella parte dell’archivio risalente all’Ottocento e ai primi anni del Novecento, sono contenute alcune testimonianze di grande interesse per la storia dello sviluppo industriale e urbanistico della città, come piani regolatori e progetti per lavori pubblici e per la costruzione di edifici pubblici e privati.
Di notevole importanza per lo studio delle vicende storiche dei primi anni del XIX secolo è l’archivio della Prefettura del Dipartimento di Montenotte (1806-1814), ove sono conservati documenti riguardanti i territori di Porto Maurizio, Sanremo e Ceva.
Dello Stato unitario si conservano invece gli archivi di Preture, dei Tribunali di Savona e Finale; delle Sottoprefetture di Savona (1860-1926) e Albenga (1878-1926) e del Distretto Militare, che raccoglieva anche la documentazione del soppresso Distretto Militare di Sanremo.
Cospicui sono gli archivi notarili, costituiti da circa 12.000 fra registri, volumi e filze dal XIV al XX secolo. Particolarmente degni di nota appaiono i registri dei notai Arnaldo Cumano e Giovanni di Donato, Martino, Saono e Uberto, datati tra la fine del XII secolo e gli inizi del XIII e pertanto fra i più antichi pervenutici in assoluto. Tra i documenti notarili, famosi sono quelli che testimoniano la permanenza in Savona di Cristoforo Colombo e della sua famiglia.
Notevole per quantità è il fondo degli atti catastali costituiti da registri e mappe.
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